L’Orchestra Haydn si è costituita nel 1960 per iniziativa dei Comuni e delle Province di Bolzano e di Trento. Il suo repertorio spazia dal barocco ai contemporanei; in più occasioni autori come Luigi Nono, Luciano Berio, Franco Donatoni, Ney Rosauro, Ivan Fedele, Stefano Gervasoni, Matteo D’Amico e Giovanni Sollima le hanno affidato propri lavori in prima esecuzione assoluta. Ha stretto rapporti con Johannes Maria Staud, Roberto David Rusconi, Matteo Franceschini e Fabio Cherstich quali artisti in residence.
L’Orchestra Haydn è apparsa in Austria (a Bregenz, a Erl, al Mozarteum di Salisburgo e al Musikverein di Vienna), Germania, Giappone (a Osaka e alla Suntory Hall di Tokio), Italia (al Maggio Musicale Fiorentino, all’Auditorium e al Teatro Dal Verme di Milano, alla Sagra Musicale Umbra di Perugia, al Rossini Opera Festival di Pesaro, ad Anima Mundi di Pisa, a MiTo SettembreMusica di Torino e alla Biennale Musica di Venezia), nei Paesi Bassi, negli Stati Uniti d’America, in Svizzera e in Ungheria.
Sul suo podio sono saliti, tra gli altri, Claudio Abbado, Rinaldo Alessandrini, Riccardo Chailly, Carlo Maria Giulini, Eliahu Inbal, Stanislav Kochanovsky, Alain Lombard, Jesús López-Cobos, Peter Maag, Michele Mariotti, Sir Neville Marriner, Riccardo Muti, Kent Nagano, Daniel Oren, José Serebrier, Sir Jeffrey Tate, Juraj Valčuha, Lorenzo Viotti e Alberto Zedda.
Ha ospitato nei suoi concerti solisti come Salvatore Accardo, Claudio Arrau, Jean-Efflam Bavouzet, Alfred Brendel, Mischa Maisky, Beatrice Rana, Maria Tipo, Alexander Toradze, Uto Ughi e Arcadi Volodos.
Dopo il fondatore Antonio Pedrotti, si sono succeduti come direttori stabili Hermann Michael, Alun Francis, Christian Mandeal e Ola Rudner. Dal 2024 al 2026 Ottavio Dantone ne è stato il direttore musicale; dal 2025 Alessandro Bonato ne è il direttore principale.
Dopo la trentennale guida di Andrea Mascagni, alla direzione artistica si sono avvicendati Hubert Stuppner, Gustav Kuhn, Daniele Spini, Giorgio Battistelli e, dal 2025, André Comploi.
Moltissime sono le registrazioni radiofoniche e televisive per la RAI; ampio il catalogo di LP, CD e DVD realizzati per Agorá, Amadeus, Arts, Brilliant Classics, Camerata Tokyo, col legno, Concerto, CPO, Dynamic, Multigram, Naxos, Opus Arte, RCA, Stradivarius, Turnabout, Unitel, Universal, Verdi Records, VMC Classics e Zecchini.